Стеблевая, или линейная, ржавчина встречается повсеместно, но более вредоносна на Дальнем Востоке, Северном Казахстане, на Северном Кавказе, в некоторых западных районах Украины, Белоруссии и в Прибалтике. Вначале на стеблях, листовых влагалищах, колосковых чешуйках и иногда на остях появляются ржаво-бурые продолговатые, линейные, часто слитые между собой пылящие подушечки — уредопустулы. Позже, в конце вегетации пшеницы, в местах образования уредопустул и рядом с ними формируются черные выпуклые, продолговатые, часто в виде сплошных линий подушечки — телиопустулы. Они разрывают эпидермис и выступают из трещин стеблей, листьев и листовых влагалищ.
Возбудитель болезни — двудомный гриб Puccinia graminis Pers. f. sp. tritici Erikset Henn., который, кроме пшеницы, в спермогониальной и эцидиальной стадиях поражает барбарис (Berberis L.) и магонию (Mahonia Nutt). На листьях этих растений обычно в мае образуются одиночно или небольшими группами шаровидные до 130 мм в диаметре темно-желтые спермогонии, в которых формируется большое количество мелких светлых одноклеточных спор — спермаций. При помощи последних происходит оплодотворение других спермогониев, что иногда приводит к образованию новых физиологических рас и биотипов гриба.
Через несколько суток после появления спермогониев с нижней стороны листьев барбариса и магонии, а иногда на черешках и молодых побегах появляются цилиндрические с отогнутыми краями беловато-желтые, 2—5 мм в диаметре, подушечки — эцидии, расположенные округлыми или продольными группами. В них в виде цепочек формируются шаровидные или округло-тупомногогранные, размером 14—22 X 12—18 мкм эцидиоспоры (весенние споры), содержимое которых желтой окраски, а оболочка бесцветная, в верхней части утолщенная, покрытая мелкими бородавочками. Разлетаясь, эцидиоспоры попадают на растения пшеницы, где прорастают при наличии капельной влаги и температуре от 5 до 24° (оптимум 17—19°). В местах прорастания эцидиоспор и внедрения их ростков в ткани растений развивается грибница, из которой формируются уредопустулы с уредоспорами. Уредоспоры гриба одноклеточные эллипсоидные или продолговато-яйцевидные, желтые, размером 20—42 X 14—22 мкм, их оболочка покрыта шипиками. Прорастают уредоспоры в капельной влаге при температуре от 1 до 30° (оптимум 18—20°).
В период вегетации растений гриб может дать несколько поколений уредоспор (развитие одной уредогенерации при 20° длится около 7 дней), чем и объясняется быстрое нарастание заболевания па посевах пшеницы.
К концу вегетации пшеницы на стеблях, листьях и листовых влагалищах образуются телиопустулы с телиоспорами. Последние двухклеточные, гладкие, коричневые, удлиненно-булавовидные, размером 35—60 X 12— 24 мкм, с темно-бурой оболочкой, утолщенной у вершины, расположены на удлиненных желтоватых ножках. Телиоспоры зимуют на остатках пораженных растений и прорастают только весной при температуре 9—29° (оптимум 18—22°) и влажности воздуха 95— 100%.
Из телиоспор образуются базидии с базидиоспорами. Базидии бесцветные, четырехклеточные, по бокам их вырастают коротенькие ножки (стеригмы) с одной бесцветной шарообразной базидиоспорой. Базидиоспоры легко отделяются и разносятся ветром на большие расстояния.
Попав на листья барбариса или магонии, они прорастают и дают начало новой грибнице, на которой формируются спермогонии и эцидии.
В настоящее время идентифицировано более 300 рас возбудителя стеблевой ржавчины. Чаще встречаются 21-я и 34-я рассы. Наиболее разнообразен их состав на Кавказе.
Стеблевая ржавчина сильнее проявляется на ранних посевах озимых и поздних посевах яровых пшениц. Внесение калийных удобрений, особенно в смеси с фосфорными, повышает устойчивость растений против заболевания, чрезмерное внесение азотных удобрений, наоборот, способствует его развитию.
Стеблевая ржавчина очень вредоносна. Она нарушает водный баланс растений и усиливает транспирацию, ослабляет фотосинтез, снижает интенсивность образования и оттока углеводов, уменьшает рост и задерживает развитие растений.
При сильном развитии заболевания возможно полегание посевов пшеницы. Поражение стебля под колоском вызывает истекание зерна, вследствие чего оно образуется щуплым, с очень низкими хлебопекарными качествами. Болезнь может быть причиной недобора 60—70% урожая.