Стеблевая головня — распространена повсеместно, но более сильное ее развитие наблюдается в Нечерноземье и Западной Сибири. Обычно болезнь проявляется в период трубкования растений — начала молочной спелости зерна. На стеблях, чаще вверху, реже на листьях, в их влагалищах и нижней части колоса появляются продольные полосы различной длины. Вначале они прикрыты эпидермисом и имеют свинцово-серый цвет, позже эпидермис растрескивается и образуются удлиненные линейные трещины, из которых выступает густая черная «масса спор. Пораженный стебель теряет упругость, изгибается и повисает часто в виде петель. При раннем поражении растения не выколашиваются, а в колосовых влагалищах часто можно обнаружить разрушенные цветочные чешуи и завязи. При поражении растений во время цветения колосья плохо развиваются, преждевременно желтеют, поникают и не образуют семян.
Возбудитель болезни — базидиальный гриб Urocystis occulta Rab. Телиоспоры его округлой или элипсоидальной формы, размером 14,4—35,5X11.2—26,3 мкм, собраны в споро-кучки. Каждая из них состоит из 1—2, реже 3—4 центральных темно-коричневых плодущих и 1—9 (чаще 5) периферических желтовато-коричневых не плодущих клеток. Первые — округлые или эллипсоидальные, размером 10—19X9—14 мкм, а вторые — полушаровидные или слегка приплюснутые, диаметром 3—13 мкм.
Телиоспоры прорастают, минуя период покоя, и образуют цилиндрическую, слегка удлиненную базидию, на вершине которой формируется 4—16 цилиндрических базидиоспор. Из них появляются разделенные поперечными перегородками гифы, которые проникают в проростки растений. Заражается рожь от начала прорастания семян до образования первого листа. Грибница распространяется по всей надземной части растения, образуя, как правило, спороношение в верхних частях стебля с разрушением паренхимы.
Жизнеспособность телиоспор в почве сохраняется не более года, поэтому основным источником инфекции служат зараженные семена, на которые споры попадают из стеблей во время обмолота. Однако при посеве озимой ржи по ржи источником инфекции может быть и заспоренная почва.
Урожай надземной массы больных растений в 4— 5 раз меньше, чем здоровых, а недобор зерна может достигать 30% и более.
Сортов ржи, иммунных и высокоустойчивых к стеблевой головне, нет.