Стеблевая ржавчина  - распространена повсеместно, но наиболее часто обнаруживается в Нечерноземье России, Белоруссии, республиках Прибалтики и Северном Казахстане. У пораженных растений обычно в период цветения или в начале молочной спелости зерна на стеблях и листьях появляются ржаво-бурые продолговатые пустулы, сливающиеся в сплошные полосы. Нередко такие пустулы можно обнаружить на чешуйках колосков и остях. Характерной особенностью болезни в этот период является разрыв эпидермиса на стеблях, листьях и других органах, что создает кайму вокруг пустул. Ко времени созревания ржи в местах ржаво-бурых пустул образуются черно-бурые или черные пустулы новой стадии развития патогена.
    Возбудитель болезни — базидиальный гриб Puccinla graminis Pers. f. sp. secalis Eriks. et Henn. Кроме ржи, он поражает ячмень и многие злаковые травы. На ржи сперва образуется уредостадия — уредопустулы с уредоспорами (ржаво-бурые пустулы), а к концу вегетации растений — телиопустулы (черно-бурые или черные пустулы) с телиоспорами.
  Уредоспоры темно-желтые, одноклеточные, размером 20—28X17—22 мкм с шиповатой оболочкой. Телиоспоры двухклеточные, продолговатые, коричневые, булавовидные, с утолщенной оболочкой у вершины, гладкие, размером 35—60X12—22 мкм, на удлиненной светлой ножке. Весной телиоспоры, которые зимовали на остатках растений, прорастают, образуя членистые базидии с базидиоспорами. Последние, разлетаясь, попадают на барбарис или магонию и заражают их. На листьях этих растений, преимущественно с верхней стороны, появляются бурого цвета спермогонии со спермациями, а с нижнего — желтые чашечки (эцидии с эцидиоспорами). Эцидиоспоры попадают на рожь и заражают ее с образованием в тканях уредогрибницы, на которой развиваются уредопустулы с уредоспорами.
    Прорастают эцидиоспоры в капельках влаги при температуре 1—30° (оптимум 18—20°). За время вегетации ржи в зависимости от условий погоды возбудитель заболевания может давать несколько поколений уредоспор, чем и объясняется быстрое развитие заболевания.
  Вредоносность стеблевой ржавчины очень велика. При сильном поражении ржи недобирают зерна 50— €0% и более.
  Среди районированных сортов ржи высокоустойчивых к этой болезни нет. Менее поражаются гибрид 173, Вятка 2, Долинская, Камалинская 4, Литовская, Омка, Саратовская 1 и Манычская.